Pályafutását szülővárosában, Zentán kezdte, ahol kilenc évet töltött el, majd 19 esztendős korában Magyarországra igazolt, az akkor az NB II-ben szereplő Barcs együttesébe, ahol testvérével, Vukan Nikoliccsal együtt futballozott. Rögtön az első magyarországi bajnoki mérkőzésén gólt szerzett egy BKV Előre - Barcs bajnokin, amelyet a Barcs 3-1-re megnyert és azon a találkozón Niko mellett a bátyja is eredményes volt.
A Nikolic-fivérek a 2007/2008-as szezont már az NB II-es Kaposvölgye VSC csapatában kezdték el, ahol Nemanja remek őszi szezont produkált, 15 bajnokin 11 gólt szerzett, így nem volt meglepő, hogy télen Nemanja és Vukan útjai különváltak - Niko-t az NB I-es Kaposvár igazolta le, míg Vukan maradt az NB II-es Kaposvölgye együttesében.
Első NB I-es mérkőzését 2008. március 1-jén épp a Vidi ellen játszotta Niko - és az ő góljával 1-0-ra nyert a Kaposvár, de az első NB I-es félszezonja komolyabb áttörést nem hozott a karrierjében, 13 bajnokin négy találatig jutott. A 2008/2009-es idényben viszont 23 NB I-es bajnokin 16 találatig jutott, így a 20 gólos Bajzát Péter mögött négyes holtversenyben (Kabát Péterrerl, Rudolf Gergellyel és Tököli Attilával) a második legeredményesebb NB I-es góllövő lett. A 2009/2010-es idény őszi szezonjában 10 találatig jutott, a téli átigazolási időszakban, 2010. február 1-jén pedig aláírt a Vidibe, ahol elkezdődött karrierjének egyik legsikeresebb időszaka.

"Természetesen" az első vidis tétmeccsén góllal mutatkozott be a Vidi-szurkolóknak egy DVSC - Vidi Ligakupa-találkozón. A folytatás pedig már történelem. A szezon végén gólkirály lett 18 találattal és csak egy ponttal maradtunk le a DVSC mögött a bajnoki címről. Ő volt klubunk történetének harmadik gólkirálya, Szabó József és Petres Tamás után.
A következő idényben azonban már a bajnoki cím is összejött, igaz ekkor André Alves mögött kisebb szerep jutott Nikonak, aki 24 bajnokin csak kilenc alkalommal szerepelt a kezdőben és a szezon végén "csupán" 13 NB I-es találat szerepelt a neve mellett. Ebben az évben letette az állampolgársági esküt is.
A 2011/2012-es szezonban viszont már ismét Niko volt a Vidi elsőszámú góllövője és az idény végén csak egy góllal maradt le a gólkirályi címről, amelyet Adam Coulibaly hódított el 20 találattal. Két évvel később azonban újra Niko volt a legeredményesebb NB I-es góllövő - holtversenyben a paksi Simon Attilával. Ebben a szezonban, 2013. október 11-én debütált a magyar válogatottban, ő lett a Vidi 43. válogatott labdarúgója. Az első mérkőzése ugyan nem sikerült túl jól, 8-1-es vereséget szenvedtünk Amszterdamban (Niko a 79. percben lépett pályára csereként), néhány nappal később azonban Budapesten Andorra ellen már a kezdőben kapott helyet és rögtön meg is szerezte első gólját a válogatottban. A 2015-ös évben aztán minden összejött a Vidinek is és Nikonak is, hiszen csapatunk megszerezte története második bajnoki címét, míg Niko 21 találattal harmadszor lett magyar gólkirály. Ráadásul 2020 tavaszán Nikolics gólját választottátok a 2014-es esztendő legszebb Vidi-góljának.
Öt év után, 2015 nyarán Nikolics elhagyta a Vidit és Lengyelországba a Legia Varsó együttesébe igazolt, ahol az első szezonjában bajnok lett és 28 góllal a lengyel gólkirályi címet is elhódította. 2016 őszén a BL csoportkörében szerepelt a lengyel együttessel, és a Borussia Dortmund elleni gólzáporos találkozón (a német csapat 8-4-re nyert hazai pályán) bevette a német együttes kapuját.
A téli átigazolási időszakban Varsóból Chicagoba tette át székhelyét Niko, ahol ismét kirobbanó formában futballozott. Az első szezonjában hosszú idő után playoffba jutott a Chicago Fire, és közben övé lett az MLS Golden Boot-díj, a Fire történetében először. A harmadik országban lett gólkirály, sorozatban negyedszer végzett az élen - az USA-ban 24 góllal lett a legeredményesebb góllövő. Az idény végén az ESPN ESPY's díjátadóján az MLS legjobbjának választották, miközben nyáron bekerült az All Star Csapatba is.

2020 februárjában, közel öt év távollét után tért "haza" a Vidibe. Ekkor már elmúlt 32 esztendős, sokan attól féltek, hogy már csak levezetni jött, de aki ismeri őt, az tudta, hogy sosem csalná a futballt, ráadásul komoly célokat fogalmazott meg.
Visszatérésekor 87 vidis bajnoki találatnál járt, 24 gólra volt Szabó József klubrekordjától és bár a vártnál nehezebben indult be a gólgyártás - 2020 tavaszán 14 bajnokin ötször volt eredményes - a 2020/2021-es idényben már ismét megállíthatatlanul robogott a klubcsúcs felé és 15 góllal házi gólkirály lett és az egész NB I-ben csak a gólkirály, Hahn János szerzett nála több találatot. Niko tehát frappáns választ adott a pályán azok számára, akik már túl öregnek tartották őt és nem bíztak benne, hogy képes lesz gólokkal segíteni a csapatot. A csapattársak viszont végig bíztak Nikolicsban és 2020 nyarán őt választották meg csapatkapitánynak. 2021 év elején jelent meg az IFFHS statisztikája, mely szerint Nikolics Nemanja a 21. század legeredményesebb magyar góllövője.
Nikolics 2022 nyarán távozott végleg a Viditől, a 17-es mezszámot klubunk visszavonultatta. Ezt követően fél évet Törökországban, fél évet pedig Cipruson futballozott még mielőtt a mai napon bejelentette visszavonulását.
Nikolics Nemanja a Vidiben összesen 314 tétmérkőzésen 164 gólt szerzett. A beszélgetés elején rendkívül sikeres pályafutását így foglalta össze:
"Biztosan mindenki sejtette, hogy miért ülünk ma itt a stadionban. Semmi nem tart örökké a foci világában sem, és bár nehéz elengedni egy pályafutást, de néha meg kell hozni az ilyen döntéseket. Húsz évig teljes szívemből, alázattal, nagy szeretettel mindent megtettem a labdarúgásért. Egy kisvárosból indulva, a reflektorfénytől távol kezdve, azt hiszem, hogy büszke lehetek arra, amit elértem. Más világ volt, a panelházak között fociztunk egész nap, de az ott szerzett góloknak ugyanúgy örültem, mint később, amikor profiként lőttem a gólokat. A gólok függője lettem, ez hajtott egész pályafutásom során. A szüleim arra tanítottak, hogy a kemény munka mindig meghozza gyümölcsét, ez volt a fejemben akkor is, amikor fiatalon egy-egy rosszabbul sikerült próbajáték után nem kaptam szerződést. 16 esztendősen így jártam Kaposváron is, amikor mondták, hogy nem volt rossz, amit mutattunk testvéremmel együtt, de ez még mindig nem az a szint, ami az NB I-ben kell. Ekkor eldöntöttem, hogy mindenképpen visszatérek, és Magyarországon építek majd karriert. Amikor befejeztem a gimnáziumot, idősebb Dárdai Pali bácsi pedig megadta nekünk testvéremmel együtt a lehetőséget Barcson, de két NB I-es csapat még ezután is azt mondta, hogy nem volt elég, amit próbajátékon mutattunk. Nem is volt igazán jó szezonom, meg is sérült a derekam, családom rengeteget foglalkozott velem, és ebből is igyekeztem minél erősebben kijönni. Kaposvölgyén kaptunk ezután lehetőséget az NB II-ben, itt már jól ment a játék, és Illés János és Prukner László szerződést kínált Kaposváron. A kudarcok után végre profi labdarúgó letten. Andre Alves és Oláh Lóránt rögtön befogadott, sokat tanultam tőlük. Egyértelmű volt, hogy ők az elsőszámú támadók, de mindent megtettem azért, hogy bizonyítsak. Milyen érdekes, hogy az első gólomat pedig pont a Vidinek lőttem az NB I-ben. Nyáron mindketten eligazoltak, megkaptam a lehetőséget a felkészülés során, de eltört a lábközépcsontom a felkészülés során. Viszont ebben az időszakban ismertem meg feleségemet, Nórit, szóval ez sem lehetett véletlen. Van három csodálatos gyermekem, egy idő után minden döntést úgy hoztam meg, hogy a családnak a lehető legjobb legyen. A következő szezon jól sikerült, nagyon gyorsan jött a Vidi ajánlata, a Kaposvárnak is jó üzlet volt, nekem továbblépési lehetőség volt. A többi már mondhatni történelem. Gyönyörű pillanatok, nevetés, és persze egy-két kudarc is becsúszott Vidi-mezben. Három gólkirályi cím, két bajnoki cím, Európa Liga-csoportkör, gólrekord, fantasztikus élmények értek a klubnál. A kupadöntőt sajnos egyszer sem sikerült megnyerni, ez az egy hiányzik, de ezért is kárpótol az a szeretet, amit a várostól és a Vidi-szurkolóktól kaptam. Akkor is mellettem voltak, amikor nem ment a játék, ezért örökké hálás leszek. Amikor 2015-ben úgy alakult, hogy távozom a klubtól, menedzsereimmel sokat beszélgettünk arról, hogy mi lehet a legjobb döntés - végül a varsói Legia mellett döntöttünk. Újabb bajnoki cím, gólkirályi cím, és egy gyerekkori álom beteljesülése - pályára léphettem és gólt lőttem a Bajnokok Ligájában. Másfél remek szezon után a Chicago Fire vezetői meggyőztek arról, hogy ők hosszútávon velem számolnak elsőszámú csatárként. Amerika azért nem a szomszédban van, de belevágtunk a családdal, az a három év is remekül sikerült a pályán és a pályán kívül is - hiszen például Mia lányom ott született, egyénileg pedig egy harmadik országban is gólkirály tudtam lenni. Amikor visszatértem Fehérvárra a Vidihez, azt gondoltam, majd itt fejezem be, a dolgok a fociban sokszor máshogy alakulnak, mint, ahogy a labdarúgók tervezik, egy évig még folytattam máshol, most viszont már tényleg itt a pályafutásom vége. Köszönöm az edzőimnek, akiktől rengeteget tanultam. Köszönöm a remek csapattársaimnak, akik nélkül nem jöhettek volna létre a gólkirályi címek. Köszönöm Vladan Filipovicsnak és Szabó Tibornak, akik végig segítették a pályafutásomat. Fiatalon azt hittem én majd egyedül megoldok mindent, de ez naív gondolat volt tőlem, a közös út során pedig barátaim lettek. Köszönöm tesómnak - aki amúgy hétszeres gólkirály, igaz alacsonyabb osztályban -, hogy végig mellettem volt. Kis szerencsével ma ő is ülhetne itt, hiszen remek csatár volt. Sosem volt féltékeny, támaszom volt, amikor padlón voltam. Köszönöm szüleimnek, hogy olyan értékek mentén neveltek, amiket én is tovább tudok adni a saját gyermekeimnek. Köszönöm nektek, újságíróknak, hogy korrekt viszonyunk volt a karrierem során. És nem utolsó sorban, külön köszönöm Nórinak, feleségemnek, hogy Kaposvár óta jóban-rosszban együtt vagyunk. Most viszont eljött az a pillanat, amit mindig igyekeztem elkerülni, dönteni kellett a család és a karrier között. Ez a része viszont egyáltalán nem volt nehéz, kimondom, hogy itt a vége a pályafutásomnak. Nagyon szép és kerek volt ez így, köszönöm még egyszer mindenkinek, aki mellettem volt.”

Niko külön kitért válogatott karrierjére is.
“Amikor átigazoltam Magyarországra, nagyon messze volt a válogatott szint, nem is gondolkodtam ezen. Később, amikor jöttek a gólok, és megkaptam az állampolgárságot, nagyon büszke voltam arra, hogy gyorsan meghívót kaptam. Csúnya vereség alkalmával mutatkozhattam be Hollandia ellen, de nekem az a meccs is nagyon sokat jelentett. A két Eb-szereplés pedig meghatározó élmény egész életem során. 43 mérkőzésen 9 gólt szereztem, nagyon sok munkát tettem abba, hogy én legyek a válogatott elsőszámú csatára, ez az egy dolog sajnos nem jött össze - de, amikor egy percre vagy öt percre kellett beszállnom a pályára akkor is mindent megtettem a címeres mezért.”